A Capes divulgou em 20/12/2007, após julgamento dos recursos das instituições, relatório da avaliação trienal 2004-2006, atribuindo conceitos aos 2526 Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu do Brasil. A avaliação foi feita em 45 áreas de conhecimento, das quais a Ufla oferece cursos de pós-graduação em: Administração, Ciências Agrárias, Ciência dos Alimentos, Engenharia IV, Medicina Veterinária e Zootecnia. Os conceitos dos Programas são expressos em notas de 1 a 7 que apresentam os seguintes significados:
Notas 1 e 2 – Desempenho fraco, abaixo do padrão mínimo de qualidade exigido. Os cursos com estas notas são descredenciados;
Nota 3 – Desempenho regular. Atende o padrão mínimo de qualidade requerida. Cursos com esta nota recebem lista com recomendações dos aspectos a melhorar;
Nota 4 – Bom desempenho. Indica que o curso teve conceito “bom” ou melhor em ao menos três quesitos, incluindo a produção intelectual;
Nota 5 – Alto nível de desempenho. É a maior nota atribuída aos programas que só oferecem mestrado. Cursos com esta nota devem ter recebido “muito bom” ao menos nos quesitos corpo docente, corpo discente e produção intelectual;
Notas 6 e 7 – Exclusivos para Programas que ofereçam doutorado com nível de excelência equivalentes ao dos mais importantes centros internacionais de ensino e pesquisa.
A avaliação é feita com base em relatório anual elaborado pelos programas e Pós-Graduação considerando-se cinco quesitos: Proposta do Programa (coerência, consistência, abrangência, atualização e adequação da infra-estrutura); Corpo Docente (formação, titulação, aprimoramento, experiência, distribuição da carga horária letiva e participação nas atividades de ensino e pesquisa do programa de pós-graduação); Corpo Discente, Teses e Dissertações (qualidade, vinculação a publicações, eficiência do programa na formação de mestres e doutores); Produção Intelectual (publicações qualificadas do programa por docente permanente), Inserção Social (impacto regional e/ou nacional, integração e cooperação com outros programas). São considerados como pontos fortes para credenciar à obtenção de notas 6 e 7 os Diferenciais (forte liderança nacional na formação de recursos humanos, nível de qualificação, produção e desempenho equivalentes ao de centros internacionais de excelência; participação de docentes em atividades como comitês editoriais de revistas científicas internacionais).
A avaliação dos cursos de mestrado e de doutorado do Sistema Nacional de Pós-Graduação é feita a cada três anos pela Capes, com acompanhamento anual. O item que mais pesou na atribuição dos conceitos foi publicação de artigos em revistas Qualis A Internacional. O sistema Qualis contém uma lista de veículos para divulgação da produção intelectual dos programas de pós-graduação, classificados quanto ao âmbito de circulação (Local, Nacional, Internacional) e à qualidade do periódico (A, B, C), por área de avaliação. A classificação dos periódicos leva em conta os indexadores tais como SciELO, ISI e o fator de impacto obtido no Journal of Citation Reports (JCR). As notas divulgadas refletem o desempenho dos cursos expressos em relatórios do período 2004-2006 e valerão até 2009, quando nova avaliação trienal será executada. Os resultados da avaliação têm amplo respaldo da comunidade científica refletindo de certa maneira os avanços conseguidos pela pós-graduação e pela pesquisa científica e tecnológica do Brasil, hoje mundialmente reconhecidos
Dos 19 Programas de Pós-Graduação da Ufla, 17 foram avaliados. Os programas de Ciência e Tecnologia da Madeira e de Engenharia de Sistemas, aprovados pela Capes em 2006 e iniciados em 2007, foram avaliados pelo projeto
APCN.
Na avaliação trienal de 2004, a Ufla participou com 15 programas de pós-graduação que ofereciam 27 cursos (12 DS e 15 MS). A Ufla contou na avaliação de 2007 com 19 programas ofertando 34 cursos (15 DS e 19 MS) num crescimento de 26%. Em relação ao triênio anterior a publicação total de artigos Qualis A Internacional cresceu em 21%, aumentando de 207 para 251, a publicação total de artigos (nacionais e internacionais) aumentou em 16%, crescendo de 1474 para 1705. Quanto aos alunos titulados, o número de mestres aumentou 14%, crescendo de 540 para 614, e o número de doutores variou de 174 para 246 com um aumento de 41%. O total de docentes permanentes foi de 248. Apesar de todos os indicadores positivos dos programas, cerca de cinco programas tiveram redução nos conceitos, enquanto que três outros melhoraram.
Para o pró-reitor de pós-graduação, Joel Augusto Muniz” o resultado da avaliação serviu de alerta para os programas, uma vez que nem sempre a melhora de indicadores de produção reflete no aumento do conceito. As exigências da Capes expressas nos documentos de área, são ajustadas a cada triênio, o que leva os docentes permanentes e estudantes a ficarem atentos pela busca contínua da melhoria. Novos projetos de pesquisa em editais de pós-doutorado, convênios de parceria com instituições do Brasil e do exterior, bem como ações diversas estão sendo tomadas buscando a melhoria dos índices para as próximas avaliações, tendo como meta as notas 6 e 7. Vale destacar ainda que a pós-graduação da Ufla será impactada, nos próximos cinco anos, pelas ações do Programa REUNI (Reestruturação e Expansão das Universidades Federais) do governo federal. De acordo com o projeto da Ufla deverão ser implantados sete novos cursos de mestrado e cinco de doutorado, envolvendo as áreas já existentes além de cinco novas tais como: Ciência da Computação, Educação, Matemática, Física, Educação Física. O projeto prevê recursos para a contratação de novos servidores técnico-administrativos, docentes, investimento e custeio das atividades. Estão previstos recursos para bolsas de mestrado e doutorado. Ao final da implantação, a pós-graduação da Ufla será ainda mais forte e consolidada. De acordo com os dados das IFES, disponibilizados SESU/MEC, para a elaboração do projeto, a Ufla ocupa atualmente a quarta posição entre as 53 IFES do sistema federal quanto à atuação de seus docentes em atividades de pós-graduação. Apenas três IFES apresentam DPG (Dedução da Pós-Graduação), em % do corpo docente, maior que a da Ufla”.