O Programa começará com uma linha de pesquisa (Reprodução, genética e sanidade de animais aquáticos) e seis docentes permanentes, dos departamentos de Medicina Veterinária e Zootecnia, todos bolsistas de produtividade em pesquisa do CNPq.
No julgamento da proposta o comitê avaliador da CAPES ressaltou o caráter de inovação e de grande inserção regional do programa, pela formação de recursos humanos em um ramo emergente do agronegócio brasileiro, que é a aqüicultura. Outro ponto de destaque foi a captação de recursos para a pesquisa pelo corpo docente, que ultrapassou o valor de dois milhões de Reais nos últimos três anos, tanto em órgãos públicos de fomento como na iniciativa privada.
O programa será iniciado com a área de concentração Ecologia e Conservação de Recursos Naturais em Paisagens Fragmentadas e Agrosistemas, com três linhas de pesquisa: Ecologia e Monitoramento de Ecossistemas sob Interferência Antrópica; Levantamento e Descrição da Biodiversidade; e Relações Organismo-ambiente.
Como salientado pela comissão da Capes em sua recomendação, a área do programa foi considerada relevante para o desenvolvimento nacional e a proposta do programa é bem articulada e subsidiada por um corpo docente altamente produtivo da Universidade.