O Prêmio Capes de Tese tem como objetivo distinguir, anualmente, as melhores teses de doutorado aprovadas nos cursos reconhecidos pelo MEC e é concedido em cada uma das áreas do conhecimento. As teses premiadas nessa modalidade serão automaticamente inscritas para o Grande Prêmio Capes de Tese, que vai escolher três ganhadores, um em cada conjunto das grandes áreas.

De acordo com as instruções para a edição 2008 dos Prêmios, as Pró-Reitorias interessadas têm até o dia 30 de junho de 2008 para encaminharem as teses indicadas pelos cursos de doutorado.